Bioinformatics Data Skills

Reproducible and Robust Research with Open Source Tools

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Author: Vince Buffalo

Publisher: "O'Reilly Media, Inc."

ISBN: 144936750X

Category: Computers

Page: 538

View: 3466

Learn the data skills necessary for turning large sequencing datasets into reproducible and robust biological findings. With this practical guide, you’ll learn how to use freely available open source tools to extract meaning from large complex biological data sets. At no other point in human history has our ability to understand life’s complexities been so dependent on our skills to work with and analyze data. This intermediate-level book teaches the general computational and data skills you need to analyze biological data. If you have experience with a scripting language like Python, you’re ready to get started. Go from handling small problems with messy scripts to tackling large problems with clever methods and tools Process bioinformatics data with powerful Unix pipelines and data tools Learn how to use exploratory data analysis techniques in the R language Use efficient methods to work with genomic range data and range operations Work with common genomics data file formats like FASTA, FASTQ, SAM, and BAM Manage your bioinformatics project with the Git version control system Tackle tedious data processing tasks with with Bash scripts and Makefiles

Angewandte Bioinformatik

Eine Einführung

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Author: Paul M. Selzer,Richard J. Marhöfer,Oliver Koch

Publisher: Springer-Verlag

ISBN: 3662541351

Category: Science

Page: 184

View: 4939

Für Studierende und Wissenschaftler der Lebenswissenschaften schafft dieses Buch einen schnellen, strukturierten Zugang zur Angewandten Bioinformatik ohne Programmierkenntnisse oder tiefgehende Informatikkenntnisse vorauszusetzen. Es bietet eine Einführung in die tägliche Anwendung der vielfältigen bioinformatischen Werkzeuge und gibt einen ersten Überblick über das sehr komplexe Fachgebiet. Die Kontrolle des vermittelten Stoffs wird durch Übungsbeispiele mit Lösungen gewährleistet. Ein Glossar der zugrundeliegenden Fachtermini sowie ein ausführliches Sachverzeichnis runden das Buch ab. Für die 2. Auflage wurde das Werk umfassend aktualisiert.

Data mining

praktische Werkzeuge und Techniken für das maschinelle Lernen

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Author: Ian H. Witten,Eibe Frank

Publisher: N.A

ISBN: 9783446215337

Category:

Page: 386

View: 1914

Statistik-Workshop für Programmierer

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Author: Allen B. Downey

Publisher: O'Reilly Germany

ISBN: 3868993436

Category: Computers

Page: 160

View: 4917

Wenn Sie programmieren können, beherrschen Sie bereits Techniken, um aus Daten Wissen zu extrahieren. Diese kompakte Einführung in die Statistik zeigt Ihnen, wie Sie rechnergestützt, anstatt auf mathematischem Weg Datenanalysen mit Python durchführen können. Praktischer Programmier-Workshop statt grauer Theorie: Das Buch führt Sie anhand eines durchgängigen Fallbeispiels durch eine vollständige Datenanalyse -- von der Datensammlung über die Berechnung statistischer Kennwerte und Identifikation von Mustern bis hin zum Testen statistischer Hypothesen. Gleichzeitig werden Sie mit statistischen Verteilungen, den Regeln der Wahrscheinlichkeitsrechnung, Visualisierungsmöglichkeiten und vielen anderen Arbeitstechniken und Konzepten vertraut gemacht. Statistik-Konzepte zum Ausprobieren: Entwickeln Sie über das Schreiben und Testen von Code ein Verständnis für die Grundlagen von Wahrscheinlichkeitsrechnung und Statistik: Überprüfen Sie das Verhalten statistischer Merkmale durch Zufallsexperimente, zum Beispiel indem Sie Stichproben aus unterschiedlichen Verteilungen ziehen. Nutzen Sie Simulationen, um Konzepte zu verstehen, die auf mathematischem Weg nur schwer zugänglich sind. Lernen Sie etwas über Themen, die in Einführungen üblicherweise nicht vermittelt werden, beispielsweise über die Bayessche Schätzung. Nutzen Sie Python zur Bereinigung und Aufbereitung von Rohdaten aus nahezu beliebigen Quellen. Beantworten Sie mit den Mitteln der Inferenzstatistik Fragestellungen zu realen Daten.

R für Dummies

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Author: Andrie de Vries,Joris Meys

Publisher: John Wiley & Sons

ISBN: 3527812520

Category: Computers

Page: 414

View: 9599

Wollen Sie auch die umfangreichen Möglichkeiten von R nutzen, um Ihre Daten zu analysieren, sind sich aber nicht sicher, ob Sie mit der Programmiersprache wirklich zurechtkommen? Keine Sorge - dieses Buch zeigt Ihnen, wie es geht - selbst wenn Sie keine Vorkenntnisse in der Programmierung oder Statistik haben. Andrie de Vries und Joris Meys zeigen Ihnen Schritt für Schritt und anhand zahlreicher Beispiele, was Sie alles mit R machen können und vor allem wie Sie es machen können. Von den Grundlagen und den ersten Skripten bis hin zu komplexen statistischen Analysen und der Erstellung aussagekräftiger Grafiken. Auch fortgeschrittenere Nutzer finden in diesem Buch viele Tipps und Tricks, die Ihnen die Datenauswertung erleichtern.

Neuronale Netze selbst programmieren

Ein verständlicher Einstieg mit Python

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Author: Tariq Rashid

Publisher: O'Reilly

ISBN: 3960101031

Category: Computers

Page: 232

View: 3221

Neuronale Netze sind Schlüsselelemente des Deep Learning und der Künstlichen Intelligenz, die heute zu Erstaunlichem in der Lage sind. Sie sind Grundlage vieler Anwendungen im Alltag wie beispielsweise Spracherkennung, Gesichtserkennung auf Fotos oder die Umwandlung von Sprache in Text. Dennoch verstehen nur wenige, wie neuronale Netze tatsächlich funktionieren. Dieses Buch nimmt Sie mit auf eine unterhaltsame Reise, die mit ganz einfachen Ideen beginnt und Ihnen Schritt für Schritt zeigt, wie neuronale Netze arbeiten: - Zunächst lernen Sie die mathematischen Konzepte kennen, die den neuronalen Netzen zugrunde liegen. Dafür brauchen Sie keine tieferen Mathematikkenntnisse, denn alle mathematischen Ideen werden behutsam und mit vielen Illustrationen und Beispielen erläutert. Eine Kurzeinführung in die Analysis unterstützt Sie dabei. - Dann geht es in die Praxis: Nach einer Einführung in die populäre und leicht zu lernende Programmiersprache Python bauen Sie allmählich Ihr eigenes neuronales Netz mit Python auf. Sie bringen ihm bei, handgeschriebene Zahlen zu erkennen, bis es eine Performance wie ein professionell entwickeltes Netz erreicht. - Im nächsten Schritt tunen Sie die Leistung Ihres neuronalen Netzes so weit, dass es eine Zahlenerkennung von 98 % erreicht – nur mit einfachen Ideen und simplem Code. Sie testen das Netz mit Ihrer eigenen Handschrift und werfen noch einen Blick in das mysteriöse Innere eines neuronalen Netzes. - Zum Schluss lassen Sie das neuronale Netz auf einem Raspberry Pi Zero laufen. Tariq Rashid erklärt diese schwierige Materie außergewöhnlich klar und verständlich, dadurch werden neuronale Netze für jeden Interessierten zugänglich und praktisch nachvollziehbar.

R in a Nutshell

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Author: Joseph Adler

Publisher: O'Reilly Germany

ISBN: 3897216507

Category: Computers

Page: 768

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Wozu sollte man R lernen? Da gibt es viele Gründe: Weil man damit natürlich ganz andere Möglichkeiten hat als mit einer Tabellenkalkulation wie Excel, aber auch mehr Spielraum als mit gängiger Statistiksoftware wie SPSS und SAS. Anders als bei diesen Programmen hat man nämlich direkten Zugriff auf dieselbe, vollwertige Programmiersprache, mit der die fertigen Analyse- und Visualisierungsmethoden realisiert sind – so lassen sich nahtlos eigene Algorithmen integrieren und komplexe Arbeitsabläufe realisieren. Und nicht zuletzt, weil R offen gegenüber beliebigen Datenquellen ist, von der einfachen Textdatei über binäre Fremdformate bis hin zu den ganz großen relationalen Datenbanken. Zudem ist R Open Source und erobert momentan von der universitären Welt aus die professionelle Statistik. R kann viel. Und Sie können viel mit R machen – wenn Sie wissen, wie es geht. Willkommen in der R-Welt: Installieren Sie R und stöbern Sie in Ihrem gut bestückten Werkzeugkasten: Sie haben eine Konsole und eine grafische Benutzeroberfläche, unzählige vordefinierte Analyse- und Visualisierungsoperationen – und Pakete, Pakete, Pakete. Für quasi jeden statistischen Anwendungsbereich können Sie sich aus dem reichen Schatz der R-Community bedienen. Sprechen Sie R! Sie müssen Syntax und Grammatik von R nicht lernen – wie im Auslandsurlaub kommen Sie auch hier gut mit ein paar aufgeschnappten Brocken aus. Aber es lohnt sich: Wenn Sie wissen, was es mit R-Objekten auf sich hat, wie Sie eigene Funktionen schreiben und Ihre eigenen Pakete schnüren, sind Sie bei der Analyse Ihrer Daten noch flexibler und effektiver. Datenanalyse und Statistik in der Praxis: Anhand unzähliger Beispiele aus Medizin, Wirtschaft, Sport und Bioinformatik lernen Sie, wie Sie Daten aufbereiten, mithilfe der Grafikfunktionen des lattice-Pakets darstellen, statistische Tests durchführen und Modelle anpassen. Danach werden Ihnen Ihre Daten nichts mehr verheimlichen.

Datenanalyse mit Python

Auswertung von Daten mit Pandas, NumPy und IPython

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Author: Wes McKinney

Publisher: O'Reilly

ISBN: 3960102143

Category: Computers

Page: 542

View: 3138

Erfahren Sie alles über das Manipulieren, Bereinigen, Verarbeiten und Aufbereiten von Datensätzen mit Python: Aktualisiert auf Python 3.6, zeigt Ihnen dieses konsequent praxisbezogene Buch anhand konkreter Fallbeispiele, wie Sie eine Vielzahl von typischen Datenanalyse-Problemen effektiv lösen. Gleichzeitig lernen Sie die neuesten Versionen von pandas, NumPy, IPython und Jupyter kennen.Geschrieben von Wes McKinney, dem Begründer des pandas-Projekts, bietet Datenanalyse mit Python einen praktischen Einstieg in die Data-Science-Tools von Python. Das Buch eignet sich sowohl für Datenanalysten, für die Python Neuland ist, als auch für Python-Programmierer, die sich in Data Science und Scientific Computing einarbeiten wollen. Daten und zugehöriges Material des Buchs sind auf GitHub verfügbar.Aus dem Inhalt:Nutzen Sie die IPython-Shell und Jupyter Notebook für das explorative ComputingLernen Sie Grundfunktionen und fortgeschrittene Features von NumPy kennenSetzen Sie die Datenanalyse-Tools der pandasBibliothek einVerwenden Sie flexible Werkzeuge zum Laden, Bereinigen, Transformieren, Zusammenführen und Umformen von DatenErstellen Sie interformative Visualisierungen mit matplotlibWenden Sie die GroupBy-Mechanismen von pandas an, um Datensätzen zurechtzuschneiden, umzugestalten und zusammenzufassenAnalysieren und manipulieren Sie verschiedenste Zeitreihen-DatenFür diese aktualisierte 2. Auflage wurde der gesamte Code an Python 3.6 und die neuesten Versionen der pandas-Bibliothek angepasst. Neu in dieser Auflage: Informationen zu fortgeschrittenen pandas-Tools sowie eine kurze Einführung in statsmodels und scikit-learn.

Bioinformatik

Ein einführendes Lehrbuch

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Author: Thomas Dandekar,Meik Kunz

Publisher: Springer-Verlag

ISBN: 3662546981

Category: Science

Page: 364

View: 2750

Dieses Buch bietet eine packende Einführung in das am schnellsten wachsende Gebiet der Biologie mit leicht nachvollziehbaren Beispielen und einem gut aufbereitetem Anhang für den Leser, der so gleich alles direkt nachkochen und miterleben kann. Das Buch holt den Leser bei den Grundlagen ab, wie man zum Beispiel Sequenzinformationen einfach erhält und analysiert. In weiteren Kapiteln gehen die Autoren auf die verschiedenen Analysemöglichkeiten von RNA, DNA und Proteinen bis hinzu ganzen Stoffwechselwegen ein. Dabei werden in jedem Kapitel spannende Beispiele aus der Biologie gewählt, die zur Veranschaulichung der Analyse dienen. Jedes Kapitel wird mit einem Übungsteil abgeschlossen, welches das Gelernte sogleich zur Anwendung bringt. Das Thema dieses Buches ist ein Muss für jeden Biologiestudierenden, ob Bachelor- oder Masterstudium, da die Bioinformatik mittlerweile erstaunliche Einsichten in die molekularen Grundlagen aller Lebewesen zutage fördert.

Programmieren mit R

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Author: Uwe Ligges

Publisher: Springer-Verlag

ISBN: 3540267328

Category: Mathematics

Page: 237

View: 3289

R ist eine objekt-orientierte und interpretierte Sprache und Programmierumgebung für Datenanalyse und Grafik - frei erhältlich unter der GPL. Ziel dieses Buches ist es, nicht nur ausführlich in die Grundlagen der Sprache R einzuführen, sondern auch ein Verständnis der Struktur der Sprache zu vermitteln. Leicht können so eigene Methoden umgesetzt, Objektklassen definiert und ganze Pakete aus Funktionen und zugehöriger Dokumentation zusammengestellt werden. Die enormen Grafikfähigkeiten von R werden detailliert beschrieben. Das Buch richtet sich an alle, die R als flexibles Werkzeug zur Datenenalyse und -visualisierung einsetzen möchten: Studierende, die Daten in Projekten oder für ihre Diplomarbeit analysieren möchten, Forschende, die neue Methoden ausprobieren möchten, und diejenigen, die in der Wirtschaft täglich Daten aufbereiten, analysieren und anderen in komprimierter Form präsentieren.

Bioinformatik

Grundlagen, Algorithmen, Anwendungen

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Author: Rainer Merkl

Publisher: John Wiley & Sons

ISBN: 352768588X

Category: Medical

Page: 634

View: 7878

Jetzt in dritter Auflage komplett überarbeitet und im Bereich des maschinellen Lernens stark erweitert. Ein perfekte Einführung für alle Studenten der Lebenswissenschaften oder Informatik, die einen Einblick in die gängigen Methoden der Bioinformatik benötigen.

Einführung in die bash-Shell

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Author: Cameron Newham,Bill Rosenblatt

Publisher: Springer DE

ISBN: 9783897214248

Category: UNIX (Computer file)

Page: 350

View: 3704

Das Herz der verlorenen Dinge

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Author: Tad Williams

Publisher: Klett-Cotta

ISBN: 3608100989

Category: Fiction

Page: 384

View: 7881

»Das Herz der verlorenen Dinge« bietet für alle neuen Leser den Einstieg in die Welt von Osten Ard. Er setzt an am Ende des letzten Bandes von »Das Geheimnis der Großen Schwerter« und eröffnet einen neuen Zyklus voll tödlicher Abgründe und Intrigen dreißig Jahre in der Zukunft. Tad Williams’ Antwort auf George R. R. Martins »Game of Thrones« Osten Ard steht erneut am Scheideweg. König Simons und Herzog Isgrimnurs Kriegern ist es gelungen, das Elbenvolk zurück in ihre Hochburg in den Bergen zu drängen. Der Krieg scheint vorbei, aber das Töten dauert an. Die Sterblichen begnügen sich nicht mit ihrem Sieg, sie trachten danach, das Volk der Nornen gänzlich auszulöschen. Da verbreitet sich die Kunde, dass die uralte Nornenkönigin Utuk’ku gar nicht tot ist, sondern nur in einem todesähnlichen Schlaf liegt, von dem sie zurückkehren wird ...

Die klassische Welt

eine Weltgeschichte von Homer bis Hadrian

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Author: Robin Lane Fox

Publisher: Klett-Cotta

ISBN: 3608944672

Category: Civilization, Classical

Page: 730

View: 9685

Ein großartiges Panorama antiker Geschichte, so fulminant erzählt wie ein historischer Roman.Auf den Spuren des antikenbegeisterten römischen Kaisers Hadrian, der um 120 n. Chr. begann, sein gesamtes Imperium von Schottland bis Ägypten zu bereisen, lässt Robin Lane Fox die Antike lebendig werden,von den homerischen Epen über die Erfindung der Demokratie und den stürmischen Aufstieg des Alexanderreichs bis zur römischen Kaiserzeit und den Anfängen des Christentums. Die Fülle der historischen Ereignisse von 1000 Jahren ordnet der Autor entlang dreier Leitthemen: Freiheit, Gerechtigkeit und Luxus - Themen, die schon in der Antike und bis zum heutigen Tag die Auseinandersetzung mit der Gesellschaft bestimmen. Anschaulich und lebensvoll schildert Lane Fox,wie sich zunächst die griechische und auf ihren Schultern die römische Klassik entwickelt hat und wie antike Geschmacks- und Wertmaßstäbe uns bis heute prägen.

Bioinformatik

Ein Leitfaden für Naturwissenschaftler

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Author: Andrea Hansen

Publisher: Springer-Verlag

ISBN: 3034878559

Category: Science

Page: 156

View: 9600

Wie berechnet man multiple Alignments? Wie nutzt man eine Datenbank, um die mühsam im Labor ermittelten Sequenzen effektiv zu analysieren? Und welche Datenbank ist überhaupt am besten geeignet? Locker und leicht verständlich geschrieben führt dieser Leitfaden in die Geheimnisse der Bioinformatik ein, ohne dass man als Naturwissenschaftler gleich Informatik im Nebenfach belegt haben muss. Schwerpunkt des Buches sind die Grundlagen und verschiedenen Möglichkeiten der Sequenzanalyse. Das Buch beginnt mit einer Einführung in die wichtigen Sequenzdatendatenbanken am NCBI und EMBL sowie in die wachsende Zahl der Motivdatenbanken. Anschließend werden die einfachsten Methoden des paarweisen Sequenzvergleiches in globalen und lokalen Alignments beschrieben sowie die gängigsten heuristischen Verfahren der Datenbanksuche (FASTA und BLAST). Multiple Alignments, Substitutionsmatrizen und die Berechnung phylogenetischer Bäume werden dem Leser nahe gebracht. Neu hinzugekommen sind auch Erläuterungen der Prinzipien der Genomanalyse und der gängigsten Algorithmen zur Genvorhersage. Zu jeder Methode werden Online-Tools im Internet oder freie Software angegeben. Der Leser wird so in die Lage versetzt, die beschriebenen Methoden selbstständig nachzuvollziehen. Die Autorin selbst ist Molekularbiologin und in der Bioinformatik-Branche tätig. Als ehemalige Betreuerin eines Bioinformatik-Kurses weiss sie aus eigener Erfahrung, auf welche Informationen es ankommt, um schnell und zielorientiert zu den gewünschten Ergebnissen zu gelangen. Das Buch richtet sich in erster Linie an Anwender und Einsteiger in die Bioinformatik. Angesprochen sind vor allem Studenten und Forscher aus allen Gebieten der Naturwissenschaften, die sich in Studium oder Beruf mit der Sequenzanalyse auseinandersetzen müssen. Gleichzeitig ist dieses Buch auch ein Leitfaden für all diejenigen, die die aufgeführten Methoden zwar regelmässig benutzen, aber noch nie die Zeit gefunden haben, sich mit den Grundlagen auseinanderzusetzen.

Genetik für Dummies

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Author: Tara Rodden Robinson

Publisher: John Wiley & Sons

ISBN: 3527811478

Category: Science

Page: 400

View: 1612

Die Genetik ist eine der Naturwissenschaften, deren Wissen am schnellsten wächst und deren Erkenntnisse ständig in Bewegung und in der Diskussion sind. "Genetik für Dummies" erklärt, was überhaupt hinter diesem spannenden Thema steckt. Die Autorin Tara Rodden Robinson erklärt die Grundlagen der Vererbungslehre wie die Mendelschen Regeln, wie Zellen aufgebaut sind und sie sich teilen. Sie zeigt, wie die DNA aufgebaut ist, wie sie kopiert und richtig in Proteine übersetzt wird. Außerdem geht sie auf die Bedeutung der Genetik in der Humanmedizin ein, wie Genmutationen und Erbkrankheiten entstehen. Sie erläutert, was beim Klonen passiert und was sich überhaupt hinter dem Begriff Gentechnik verbirgt. Auch die heißen Themen wie Stammzellentherapie und der Einsatz der Genetik in der Rechtsmedizin werden behandelt.

Struktur Und Interpretation Von Computerprogrammen/ Structure and Interpretation of Computer Programs

Eine Informatik-einfhrung/ a Computer Science Introduction

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Author: Harold Abelson,Julie Sussman,Gerald Jay Sussman

Publisher: Springer

ISBN: 9783540423423

Category: Computers

Page: 682

View: 8236

Die Übersetzung der bewährten Einführung in die Informatik, entstanden am Massachusetts Institute of Technology (MIT), wird seit Jahren erfolgreich in der Lehre eingesetzt. Schritt für Schritt werden Konstruktion und Abstraktion von Daten und Prozeduren dargestellt. Von der Modularisierung bis zum Problemlösen mit Registermaschinen werden verschiedene Programmierparadigmen entwickelt und die effektive Handhabung von Komplexität gezeigt. Als Programmiersprache wird SCHEME verwendet, ein Dialekt von LISP. Alle Programme laufen in jeder dem IEEE-Standard entsprechenden SCHEME-Implementierung.

Digitale Bildverarbeitung

Eine Einführung mit Java und ImageJ

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Author: Wilhelm Burger,Mark James Burge

Publisher: Springer

ISBN: 9783540214656

Category: Computers

Page: 532

View: 1196

Die Autoren geben eine fundierte Einführung in die wichtigsten Methoden der digitalen Bildverarbeitung. Dabei steht die praktische Anwendbarkeit im Vordergrund, formale und mathematische Aspekte sind auf das Wesentliche reduziert, ohne dabei auf eine präzise und konsistente Vorgehensweise zu verzichten. Der Text eignet sich für technisch orientierte Studiengänge ab dem 3.Semester und basiert auf der mehrjährigen Lehrerfahrung der Autoren zu diesem Thema. Der Einsatz in der Lehre wird durch zahlreiche praktische Übungsaufgaben unterstützt. Das Buch eignet sich auch als detaillierte Referenz für Praktiker und Anwender gängiger Verfahren der digitalen Bildverarbeitung, z.B. in der Medizin, der Materialprüfung, der Robotik oder der Medientechnik. Softwareseitig basiert das Buch auf der in Java implementierten und frei verfügbaren Bildverarbeitungsumgebung ImageJ.

Acacia

Macht und Verrat ; Roman

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Author: David Anthony Durham

Publisher: N.A

ISBN: 9783442244942

Category:

Page: 796

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Ein Opus Magnum, das Bilder von archaischer Kraft heraufbeschwört Seit zweiundzwanzig Generationen herrscht von der Insel Acacia aus das mächtige Geschlecht der Akarans über ein Reich, das fast die gesamte bekannte Welt umspannt. Doch unter der Oberfläche aus Glanz und Reichtum schwelt schon seit langem ein Feuer, das jederzeit ausbrechen könnte. Denn Acacias Friede und Wohlstand sind auf Verrat begründet. Und als ein Attentäter aus dem eisigen Norden sich an den Hof von Acacia aufmacht, scheint es, als müsste König Leodan den Preis für diesen Verrat jetzt bezahlen. Und mit ihm sein ganzes Volk - denn dem Attentäter folgt eine noch viel größere Bedrohung ... "Eine Eroberung weckt den Durst nach einer weiteren Eroberung." Nicolá Machiavelli "Shakespeare hätte diesen Roman geliebt." James Patrick Kelly "Der Roman liefert die Schauwerte einer archaischen Welt und prüft sie mit einem modernen Bewusstsein für die Relativität der Wahrheit." Stuttgarter Zeitung